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共聚焦显微镜数据下载服务完成升级
发布时间:2020年04月15日   作者:Confocal-Admin    阅读次数:485

  为克服速度瓶颈,共聚焦显微镜数据下载用计算机(以下简称为本地机)已升级为500G硬盘并更新为ubuntu18.04.4系统,与显微镜主控计算机(以下简称设备机)互联的交换机同时升级为千兆。今后,从设备机网络共享目录向本地机拷贝数据的速度将提高到原来的10倍,也允许在本地机上快速浏览设备机上的共聚焦图像。

  因U盘质量性能参差不齐,建议按文件大小和结构选择合适的拷贝方式。对于存在大量小文件的情况,应先压缩为zip再拷贝。在此基础上:

1、下载数据若小于200M,可直接从原始网络位置向U盘拷贝。

2、若数据量不超过1G,建议先从显微镜主控计算机拷贝到本地机桌面,然后从桌面向U盘拷贝。

3、若数据量超过1G,或U盘购买时价格在50元以下,建议先在设备机上压缩为单个文件,然后拷贝到本地桌面,最后向U盘拷贝。

4、对于在FV3000上采用多视野拼接方式拍摄的数据,因存在较多的零碎配置文件,首选先压缩后拷贝的方式。


  若需要浏览已拍摄的文件,可使用下载计算机桌面左侧状态栏上的Fiji。将要预览的共聚焦数据文件拖进Fiji主菜单,然后在弹出的窗口中按确定,稍等片刻即可出现原始图像。注意,若文件较大且不在本地,需要等待一段时间才可以看到图像,理论上数据从设备机传输的极限速度约30-60M/s。

注1:ubuntu系统文件粘贴时可能没有进度提示,建议多次刷新确认文件大小不再变化时方可退出U盘。或者在文件管理器中操作,窗口右上角可见饼图显示的进度条。

注2:计算机文件传输遵循队列模式,大文件和小文件传输过程中传输内部命令和硬盘寻址耗时接近,所以传输1000个1k的小文件将比传输1个1M的文件慢得多。遇到文件数目极多的情况,一般采用在原始保存的计算机上预先整目录压缩为1个文件再传输的方式,可以大大节约时间。

注3:设备机为英文操作系统,但数据保存目录中一般含有中文名。英文系统中压缩文件无法保存在中文路径,需要另存一份到英文路径中再行压缩。