一个完整的高内涵分析实验包括细胞培养实验、板扫描拍摄、后期图像分析及数据处理3个主要步骤，以下详细内容请仔细查阅。

Step1高内涵分析系统预约注意事项
此步骤说明了样品板如何适配本机、图像视野分布规律、以及本机可以完成哪些实验分析

Step2高内涵分析系统实验手册（硬件操作）及细胞培养技巧参考资料
此步骤说明了高内涵分析实验的细胞培养方法、硬件操作的简要流程、以及软件分析的大致流程

Step3高内涵分析系统说明书（图像分析软件操作）

此步骤说明了对step2获得的拍摄图像进行进一步软件分析的详细算法原理，文档为英文原版

初期使用高内涵分析系统经常遇到的几个问题：

1、板型不匹配：高内涵分析一般采用外形与酶标板类似的细胞成像板，若用酶标板代替，请参照step1中的说明准确测量规格参数，否则系统无法对准孔位拍摄。我们遇到过某些板的实物与标称规格有误差，甚至孔间距不一的情况，此时图像不完整，会导致数据不准确。

2、细胞生长不均匀、局部干透、细胞密度过低等： 若因细胞分布原因造成视野中没有细胞，可造成对焦失灵和拍摄失败问题，数据将不可用。请参照step2中的说明正确铺板和设置培养条件。

3、不知道如何作细胞图像分析：高内涵分析系统包括图像扫描和数据分析两部分内容，后者是关键。预约前请先明确自己的实验需要解决什么问题，然后查阅step3中的说明查找如何使用软件内建算法实现。管理员只能基于做过的实验项目给予简单指导，具体分析方法和算法需要用户自行学习和调试。简单的分析如基于DAPI染色自动寻找细胞核，然后根据细胞核寻找细胞轮廓，然后分析点状分布的细胞器如线粒体，进而计数细胞数，计算细胞内的平均信号强度，等等，最后对各种计数值或强度值进行计算和作图。