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Imaris多维图像分析软件简介
发布时间:2020年10月21日   作者:Confocal-Admin    阅读次数:235

Imaris是为共聚焦显微镜拍摄的z-stack图像的三维可视化及数据分析而引进的数据分析软件,该软件可实现实验数据的三维可视化、3D空间的角度、面积、体积测量等。该软件已在118室一台专用的计算机工作站上安装,有需求的同学可以自主预约使用该机。


以下说明书供下载自学:

Imaris软件说明书 下载

Imaris快速操作指南 下载


Imaris软件详细功能介绍:

1、多维图像渲染:

实验数据的编辑,检索及管理系统。涵盖四种不同应用需求的多维图像渲染模式,并可对原始结果进行剪切等展示操作。自带影像编辑功能,可自由创建电影,记录展示效果。支持超大数据展示和分析。

2、多维空间测量:

可自动计算包括荧光强度,大小,形状,位置在内的多种数据。可通过手动描绘任意感兴趣的区域并进行渲染和计算。 可通过各种数据,对实验结果进行分类、排序或筛选,并可导出所有的数据。可根据荧光强度的分布,测算任意结构的空间距离及角度信息。

3、多维图像共定位分析:

提供多维图像的全自动共定位分析,适用于弥散的荧光信号。提供多维图像的阈值法共定位分析,适用于边界清晰的荧光信号。可实时输出和处理共定位图像。自动得到Pearsons coefficientManders coefficient等国际通用的共定位参数。

4、数据展示和分析:

提供从1维到5维的数据展示和组间数据分析。提供T-test等一维数据的组间检验参数。在任意视图中自由添加注释。

5、细胞谱系研究:

可对多个对象同时跟踪,显示可视化运动轨迹,轨迹可以与任何3D渲染目标结合在一起,形成多维可视化图像。自动或手动获得多种轨迹追踪的实验数据,包括持续时间、移动距离、速度、加速度等,可计算数量,形状,荧光强度等各种参数随时间的变化情况,还可根据所有参数,进行分类,排序和筛选,并导出所有的数据。针对布朗运动,自回归运动,连贯运动等不同运动方式,提供多种轨迹追踪算法。可自定义坐标系,校准时间序列成像过程中样本发生的位移,旋转等,并能得到校准后的所有数据结果。针对发育及细胞谱系研究提供新的算法,可自动获得细胞分裂的相关数据,并展示和标记分裂的动态过程。

6、神经数据(分支状结构)分析:

可渲染和展示明场或荧光采集的神经结构,以及与神经结构类似的分支状结构,如血管,细胞骨架,植物气孔等。可得到长度,直径,角度,分支节点数,分支结构(如树突,树突棘)的数量,密度等,并根据所有参数,进行分类,排序和筛选,以及导出所有的数据。提供手动、半自动和全自动等多种计算方式,并拥有全新的Touch功能,辅助超大数据的渲染和计算。结合轨迹追踪,可得到分支状结构的生长速度,生长密度等数据。

7、细胞分析:

可通过渲染细胞膜或者细胞核,对图像中的每个细胞单独进行数据分析和处理。可通过对细胞膜、细胞核及细胞内容物的渲染和处理,得到细胞内微环境的一系列数据,例如穿透深度、入核率等与细胞内定位相关的特定参数。结合轨迹追踪,可得到细胞内容物与细胞之间的相对速度,相对位移等一系列数据。

8、交互式编程接口:

可通过多种编程语言例如Matlab, Java, Python,对Imaris的图像处理、分类等其他算法进行调用和编辑。可编写新的算法,并添加至Imaris中。整合了Fiji/ImageJ插件或其他同等插件。可提供不少于40种自定义插件,并提供更加简便和全面的数据分析和处理插件。

9、数据批处理:

可自动批量处理和分析图像。所有批处理的进程,都可以在后台运行。支持多线程批处理运行,最多支持4个独立进程同时进行。批处理后的所有数据,可以输出在一个完整的Excel表格中。

10、逆卷积:

逆卷积算法适用于各类显微数据,包括宽场,明场,点扫描共聚焦,转盘共聚焦,TIRF。支持GPU运算。