为获取图像，应根据样品类型选择正确的显微镜。

荧光标记的样品，通常为无色或浅色，一般使用荧光显微镜或激光共聚焦显微镜拍摄，获取的图像一般会加上伪彩色（实际是黑白灰度图）。

可见光染色（如HE染色、苏木精染色）的样品，通常带有颜色，需要使用带有彩色CCD相机的普通显微镜拍摄，使用共聚焦显微镜无法获取彩色图像。

大面积样品若需要获得全貌图像，可以使用低倍物镜，也可以使用高倍物镜+多视野拼接的方式，后者可以获得高分辨率的图像。

透明厚样品若要看清内部结构，需要使用激光共聚焦显微镜，但必须注意样品厚度不能超过物镜的工作距离，否则无法成像。

需要水浸没拍摄的样品如烟草、斑马鱼等无法倒置，建议使用正置显微镜和水浸物镜拍摄

生科仪器平台拥有的显微成像设备和可以接受的样品列表如下：