共聚焦显微镜拍摄时，偶尔会发现镜下目标信号很漂亮，却拍不出来的现象。比如在用DAPI或Hoechst染核的原生质体成像时，目镜下可以看到很漂亮的细胞核淡蓝色荧光，但扫描时却无法获得相应的图像。原因解释如下：

绝大部分的共聚焦显微镜在蓝色波段成像时使用的都是405nm激光器，而核染料DAPI和Hoechst的最佳激发波长都是365nm左右，两者的激发效率差异可达20倍以上。这样会导致得到的信号过于微弱。我们日常使用DAPI染核很漂亮，是因为细胞核内的核酸含量很高，超强的信号抵销了效率的低下。

那么如何获得正确的图像呢？这就需要使用非共聚焦的荧光显微镜了。荧光显微镜成像使用的光源是汞灯或金属卤素灯，发出的激发光是连续波长且恰好包含了特别强的我们需要的365nm左右波长的成份。那么遇到核信号微弱的情况，改用荧光显微镜拍摄才是更有效的办法。

荧光显微镜的缺点在于无法做光学切片，只适合拍摄薄的材料，还有就是色彩没有共聚焦显微镜的伪彩看上去那么鲜艳。这些可以通过改进制品方式（制作薄切片）或拍摄单色灰度图转伪彩的办法改进。这里要说的是，显微镜的选择还是有很多讲究的。

事实上，有的实验比如胞内钠钾离子浓度、PH值等生理指标的测定都需要365nm光源，基本都需要使用荧光显微镜而不是激光共聚焦显微镜来拍摄。除了光源问题，激光共聚焦显微镜的另一个劣势是成像速度慢，拍摄需要时间。如果需要一秒拍摄几十上百张图，一般的共聚焦达不到这么高的时间分辨率。那么为什么不给共聚焦显微镜配365nm激光器呢？因为365nm的激光器很少用又贵，不是专门做生理的实验室不会花大钱去配一个很少用的东西。而且365nm属于近紫外波段，对显微镜光学系统的透紫外能力和检测器的紫外敏感性有特殊的要求，会增加生产成本。

仪器平台的微流控活细胞实时分析系统就包含了一台即开即用的全自动荧光显微镜，可以用于宽场荧光和彩色成像，欢迎预约使用。有时候仅仅需要看一下烟草或转基因材料中GFP是否表达，用这条显微镜代替共聚焦也是一种方便便宜的选择。