高内涵分析系统内建专业的细胞学分析软件，可对所拍摄的细胞图像进行自动提取和分析。高内涵，意味着丰富的信息。这些信息包括：单个细胞图像和各项指标，细胞群体的统计分析结果，细胞数量和形态的改变，细胞迁移和亚细胞结构的变化，荧光信号随时间的变化，荧光信号空间分布的改变等等。 高内涵分析可在培养细胞、组织切片甚至3D培养上开展。它有着广泛的应用，如药物筛选、多参数功能研究、化学基因组学、靶标验证和毒性检测等。
虽然高内涵系统主要为多孔板设计，但本机也可使用载玻片适配器满足少量样品的拍摄和分析，其优点在于内建的强大的软件分析模块可对采集的图像进行专业的针对性的自动套圈和分析，直接输出统计结果。一些需要使用共聚焦显微镜采图进行细胞自噬、细胞迁移、细胞骨架、溶酶体、线粒体动态等分析，但又缺乏软件分析手段的实验可以借助高内涵分析系统解决。
对于仅使用载玻片的小规模零散分析，在选定视野和焦距后，拍摄可以自动进行，拍摄耗时相当有限，分析数据可以导出到另一台安装有高内涵分析软件的分析专用计算机上进行。使用分析专用计算机的收费标准约为仪器主控计算机的1/10。
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在高内涵系统中，每个样品板的每个孔由多个视野组成，每个孔为一个独立样品。添加相同样品的多个孔定义为重复。使用玻片的情况下，每个plate可以处理4张玻片样品（相当于4个孔），超过4个样品可以以多个plate的方式进行追加。更多的样品建议采用多孔板。
多孔板一般建议使用底厚0.17mm的玻璃底材质，可以使用63x水镜以获得最高的灵敏度和信号强度（最佳的图像质量），满足线粒体、微丝等亚细胞结构分析。一般地，20x及以下物镜可以使用不超过2mm的厚底板，已可满足常规的拍摄需求。
高内涵系统具有375,405,440,475,510,550,630,660nm激发光源，可满足主要的荧光标记拍摄需要，也可以通过明场或数字相差拍摄，实现无标记细胞的分析。
高内涵系统与共聚焦显微镜的区别在于，一旦确定了目标位置和焦距，高内涵系统可以一次对大范围内的多个视野区域进行自动拍摄。这个拍摄包括z-stack和time series分析，同时也可以满足长至数天的控温和CO2浓度等活细胞拍摄需求，产生的数据可以使用配套软件进行专业分析并输出csv或图表结果，不需要借助ImageJ等第三方软件重新计算。而共聚焦显微镜需要一个个视野分别拍摄，带有主观性，而且分析软件需要自行解决。 |
在制作装片时，细胞爬片应按规定的布局尽可能准确地贴在预定位置，可以大大缩短寻找焦距和图像位置的时间。同时，因载玻片和适配器需要整体进入仪器内部进行拍摄，为防止材料脱落，细胞爬片应以细胞面向上，额外覆盖40-50x22mm盖玻片的方式组装并粘合牢固后才能使用。若使用多孔板，根据物镜和孔板规格的不同，处于边缘的1-2圈孔可能无法拍摄，应征询管理员后再行加样。
以下为分析算法执行过程中截图
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find nuclei算法。 根据参数设定自动圈选细胞核区域。 |
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| find plasm算法。根据参数设定自动圈选细胞区域。 |
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find spot算法，根据参数自动选定小泡。 小泡处于核内还是核外，可通过交集运算进一步筛选。 |
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| 细胞面积算法。 |
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